Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PDFedit unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PDFedit unterstützten Basisdateien sind .PDF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PDFedit zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PDFedit verwendet werden.
Mit PDFedit können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PDFedit öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PDFedit unterstützten Dateiformat zu speichern.