Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PC Desktop Cleaner unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PC Desktop Cleaner unterstützten Basisdateien sind .PDK. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PC Desktop Cleaner zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PC Desktop Cleaner verwendet werden.
Mit PC Desktop Cleaner können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PC Desktop Cleaner öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PC Desktop Cleaner unterstützten Dateiformat zu speichern.