Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PC-BSD unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PC-BSD unterstützten Basisdateien sind .UFS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PC-BSD zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PC-BSD verwendet werden.
Mit PC-BSD können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PC-BSD öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PC-BSD unterstützten Dateiformat zu speichern.