Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PartitionMagic unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PartitionMagic unterstützten Basisdateien sind .PQI. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PartitionMagic zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PartitionMagic verwendet werden.
Mit PartitionMagic können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PartitionMagic öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PartitionMagic unterstützten Dateiformat zu speichern.