Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PAML unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PAML unterstützten Basisdateien sind .NUC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PAML zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PAML verwendet werden.
Mit PAML können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PAML öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PAML unterstützten Dateiformat zu speichern.