Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PaleoVu unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PaleoVu unterstützten Basisdateien sind .PVU. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PaleoVu zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PaleoVu verwendet werden.
Mit PaleoVu können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PaleoVu öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PaleoVu unterstützten Dateiformat zu speichern.