Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Oxygene unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Oxygene unterstützten Basisdateien sind .PAS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Oxygene zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Oxygene verwendet werden.
Mit Oxygene können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Oxygene öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Oxygene unterstützten Dateiformat zu speichern.