Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Overlay Maker unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Overlay Maker unterstützten Basisdateien sind .OVR. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Overlay Maker zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Overlay Maker verwendet werden.
Mit Overlay Maker können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Overlay Maker öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Overlay Maker unterstützten Dateiformat zu speichern.