Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. OTR Decoder unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von OTR Decoder unterstützten Basisdateien sind .OTRKEY. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in OTR Decoder zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von OTR Decoder verwendet werden.
Mit OTR Decoder können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über OTR Decoder öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von OTR Decoder unterstützten Dateiformat zu speichern.