Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Orpalis PaperScan unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Orpalis PaperScan unterstützten Basisdateien sind .JBIG2. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Orpalis PaperScan zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Orpalis PaperScan verwendet werden.
Mit Orpalis PaperScan können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Orpalis PaperScan öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Orpalis PaperScan unterstützten Dateiformat zu speichern.