Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Open Babel unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Open Babel unterstützten Basisdateien sind .CDXML. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Open Babel zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Open Babel verwendet werden.
Mit Open Babel können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Open Babel öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Open Babel unterstützten Dateiformat zu speichern.