Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. OnyxTree Professional unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von OnyxTree Professional unterstützten Basisdateien sind .TR5. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in OnyxTree Professional zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von OnyxTree Professional verwendet werden.
Mit OnyxTree Professional können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über OnyxTree Professional öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von OnyxTree Professional unterstützten Dateiformat zu speichern.