Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. OMR Reader unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von OMR Reader unterstützten Basisdateien sind .OMR. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in OMR Reader zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von OMR Reader verwendet werden.
Mit OMR Reader können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über OMR Reader öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von OMR Reader unterstützten Dateiformat zu speichern.