Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Omniscope Desktop unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Omniscope Desktop unterstützten Basisdateien sind .IOK. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Omniscope Desktop zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Omniscope Desktop verwendet werden.
Mit Omniscope Desktop können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Omniscope Desktop öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Omniscope Desktop unterstützten Dateiformat zu speichern.