Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. OmniOutliner unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von OmniOutliner unterstützten Basisdateien sind .OPML. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in OmniOutliner zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von OmniOutliner verwendet werden.
Mit OmniOutliner können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über OmniOutliner öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von OmniOutliner unterstützten Dateiformat zu speichern.