Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Omics Explorer unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Omics Explorer unterstützten Basisdateien sind .GEDATA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Omics Explorer zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Omics Explorer verwendet werden.
Mit Omics Explorer können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Omics Explorer öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Omics Explorer unterstützten Dateiformat zu speichern.