Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. NoteMap unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von NoteMap unterstützten Basisdateien sind .CNM. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in NoteMap zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von NoteMap verwendet werden.
Mit NoteMap können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über NoteMap öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von NoteMap unterstützten Dateiformat zu speichern.