Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. NoteCenter unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von NoteCenter unterstützten Basisdateien sind .HNC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in NoteCenter zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von NoteCenter verwendet werden.
Mit NoteCenter können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über NoteCenter öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von NoteCenter unterstützten Dateiformat zu speichern.