Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Nonpareil unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Nonpareil unterstützten Basisdateien sind .NPO. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Nonpareil zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Nonpareil verwendet werden.
Mit Nonpareil können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Nonpareil öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Nonpareil unterstützten Dateiformat zu speichern.