Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Noki unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Noki unterstützten Basisdateien sind .NBU. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Noki zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Noki verwendet werden.
Mit Noki können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Noki öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Noki unterstützten Dateiformat zu speichern.