Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. NoiseTracker unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von NoiseTracker unterstützten Basisdateien sind .NST. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in NoiseTracker zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von NoiseTracker verwendet werden.
Mit NoiseTracker können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über NoiseTracker öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von NoiseTracker unterstützten Dateiformat zu speichern.