Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. nkitool unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von nkitool unterstützten Basisdateien sind .NKI. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in nkitool zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von nkitool verwendet werden.
Mit nkitool können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über nkitool öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von nkitool unterstützten Dateiformat zu speichern.