Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Ninendolator unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Ninendolator unterstützten Basisdateien sind .NMV. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Ninendolator zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Ninendolator verwendet werden.
Mit Ninendolator können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Ninendolator öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Ninendolator unterstützten Dateiformat zu speichern.