Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. NimbleGen unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von NimbleGen unterstützten Basisdateien sind .NGD. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in NimbleGen zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von NimbleGen verwendet werden.
Mit NimbleGen können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über NimbleGen öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von NimbleGen unterstützten Dateiformat zu speichern.