Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. NHP eSubmission Builder unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von NHP eSubmission Builder unterstützten Basisdateien sind .HCS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in NHP eSubmission Builder zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von NHP eSubmission Builder verwendet werden.
Mit NHP eSubmission Builder können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über NHP eSubmission Builder öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von NHP eSubmission Builder unterstützten Dateiformat zu speichern.