Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. NGSSniff unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von NGSSniff unterstützten Basisdateien sind .NGS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in NGSSniff zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von NGSSniff verwendet werden.
Mit NGSSniff können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über NGSSniff öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von NGSSniff unterstützten Dateiformat zu speichern.