Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Nexus Mod Manager unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Nexus Mod Manager unterstützten Basisdateien sind .FOMOD. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Nexus Mod Manager zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Nexus Mod Manager verwendet werden.
Mit Nexus Mod Manager können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Nexus Mod Manager öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Nexus Mod Manager unterstützten Dateiformat zu speichern.