Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Neuroexplorer unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Neuroexplorer unterstützten Basisdateien sind .NEX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Neuroexplorer zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Neuroexplorer verwendet werden.
Mit Neuroexplorer können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Neuroexplorer öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Neuroexplorer unterstützten Dateiformat zu speichern.