Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. NetLogo unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von NetLogo unterstützten Basisdateien sind .NLOGO. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in NetLogo zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von NetLogo verwendet werden.
Mit NetLogo können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über NetLogo öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von NetLogo unterstützten Dateiformat zu speichern.