Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. NetCOBOL unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von NetCOBOL unterstützten Basisdateien sind .CBL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in NetCOBOL zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von NetCOBOL verwendet werden.
Mit NetCOBOL können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über NetCOBOL öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von NetCOBOL unterstützten Dateiformat zu speichern.