Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Nessus unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Nessus unterstützten Basisdateien sind .NBE. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Nessus zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Nessus verwendet werden.
Mit Nessus können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Nessus öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Nessus unterstützten Dateiformat zu speichern.