Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Nemu64 unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Nemu64 unterstützten Basisdateien sind .Z64. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Nemu64 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Nemu64 verwendet werden.
Mit Nemu64 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Nemu64 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Nemu64 unterstützten Dateiformat zu speichern.