Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. NBTExplorer unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von NBTExplorer unterstützten Basisdateien sind .MCA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in NBTExplorer zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von NBTExplorer verwendet werden.
Mit NBTExplorer können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über NBTExplorer öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von NBTExplorer unterstützten Dateiformat zu speichern.