Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Navicat for MySQL (Linux) unterstützt mindestens 15 verschiedene Dateiendungen. Die von Navicat for MySQL (Linux) unterstützten Basisdateien sind .SQL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Navicat for MySQL (Linux) zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Navicat for MySQL (Linux) verwendet werden.
Mit Navicat for MySQL (Linux) können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Navicat for MySQL (Linux) öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Navicat for MySQL (Linux) unterstützten Dateiformat zu speichern.