Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Nautilus-Flac-Converter unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Nautilus-Flac-Converter unterstützten Basisdateien sind .FLAC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Nautilus-Flac-Converter zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Nautilus-Flac-Converter verwendet werden.
Mit Nautilus-Flac-Converter können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Nautilus-Flac-Converter öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Nautilus-Flac-Converter unterstützten Dateiformat zu speichern.