Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. NAUPA File Encryption Utility unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von NAUPA File Encryption Utility unterstützten Basisdateien sind .HDE. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in NAUPA File Encryption Utility zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von NAUPA File Encryption Utility verwendet werden.
Mit NAUPA File Encryption Utility können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über NAUPA File Encryption Utility öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von NAUPA File Encryption Utility unterstützten Dateiformat zu speichern.