Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. NaturalONE unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von NaturalONE unterstützten Basisdateien sind .FDU. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in NaturalONE zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von NaturalONE verwendet werden.
Mit NaturalONE können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über NaturalONE öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von NaturalONE unterstützten Dateiformat zu speichern.