Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. NameCleaner unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von NameCleaner unterstützten Basisdateien sind .NACL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in NameCleaner zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von NameCleaner verwendet werden.
Mit NameCleaner können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über NameCleaner öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von NameCleaner unterstützten Dateiformat zu speichern.