Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. N64oid unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von N64oid unterstützten Basisdateien sind .Z64. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in N64oid zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von N64oid verwendet werden.
Mit N64oid können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über N64oid öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von N64oid unterstützten Dateiformat zu speichern.