Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Myst 3 Exile unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Myst 3 Exile unterstützten Basisdateien sind .M3S. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Myst 3 Exile zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Myst 3 Exile verwendet werden.
Mit Myst 3 Exile können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Myst 3 Exile öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Myst 3 Exile unterstützten Dateiformat zu speichern.