Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MusiGenesis unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MusiGenesis unterstützten Basisdateien sind .MG1. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MusiGenesis zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MusiGenesis verwendet werden.
Mit MusiGenesis können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MusiGenesis öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MusiGenesis unterstützten Dateiformat zu speichern.