Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Music Publisher unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Music Publisher unterstützten Basisdateien sind .MUP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Music Publisher zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Music Publisher verwendet werden.
Mit Music Publisher können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Music Publisher öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Music Publisher unterstützten Dateiformat zu speichern.