Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Mupen64 unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Mupen64 unterstützten Basisdateien sind .Z64. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Mupen64 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Mupen64 verwendet werden.
Mit Mupen64 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Mupen64 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Mupen64 unterstützten Dateiformat zu speichern.