Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MuPAD unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MuPAD unterstützten Basisdateien sind .MNB. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MuPAD zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MuPAD verwendet werden.
Mit MuPAD können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MuPAD öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MuPAD unterstützten Dateiformat zu speichern.