Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. multi-aff-py unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von multi-aff-py unterstützten Basisdateien sind .CEL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in multi-aff-py zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von multi-aff-py verwendet werden.
Mit multi-aff-py können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über multi-aff-py öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von multi-aff-py unterstützten Dateiformat zu speichern.