Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Mudflap unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Mudflap unterstützten Basisdateien sind .WHM. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Mudflap zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Mudflap verwendet werden.
Mit Mudflap können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Mudflap öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Mudflap unterstützten Dateiformat zu speichern.