Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Mudbox unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Mudbox unterstützten Basisdateien sind .BIO. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Mudbox zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Mudbox verwendet werden.
Mit Mudbox können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Mudbox öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Mudbox unterstützten Dateiformat zu speichern.