Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MRtrix unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MRtrix unterstützten Basisdateien sind .MIH. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MRtrix zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MRtrix verwendet werden.
Mit MRtrix können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MRtrix öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MRtrix unterstützten Dateiformat zu speichern.