Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MPQKit unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von MPQKit unterstützten Basisdateien sind .MPQ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MPQKit zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MPQKit verwendet werden.
Mit MPQKit können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MPQKit öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MPQKit unterstützten Dateiformat zu speichern.