Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MOPAC unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von MOPAC unterstützten Basisdateien sind .MOP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MOPAC zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MOPAC verwendet werden.
Mit MOPAC können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MOPAC öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MOPAC unterstützten Dateiformat zu speichern.